První rozhodné kroky směřující ke změnám v archivnictví byly provedeny již počátkem roku 1990. Vojenský historický ústav byl přejmenován na Historický ústav Čs. armády a Vojenský historický archiv byl jeho autonomní součástí. Od roku 1990 došlo k velkému rozmachu historického výzkumu vojenských dějin nejen v rámci historického ústavu, ale i v celé historické obci včetně ciziny. Zjištění, že je stále nízká úroveň zpracovanosti archivních souborů, vedlo v archivu k prvořadému úkolu, kterým bylo zpracovávání fondů, tvorba archivních inventářů k nim a zpřístupňování dokumentace veřejnosti formou studia v archivní badatelně. Archiv také převzal velké množství materiálů z různých předlistopadových komunistických institucí. 

Vojenský historický archiv se stal hlavním vědeckovýzkumným pracovištěm v oblasti vojenského archivnictví. Nejen, že zpracovával a tím i zpřístupňoval plynule hlavní fondy a písemnosti již existující nebo přebírané od všech vojenských institucí, ale vypracovával i písemné odpovědi a analýzy na různé dotazy. Kromě písemností 1. a 2. odboje mělo obrovský význam i zpřístupnění německých trofejních fondů, které se staly takřka prvořadým objektem zájmu odborné i laické veřejnosti z celé Evropy, i odjinud ze světa. Některé materiály posloužily mezinárodním institucím a soudům ke stíhání ještě žijících válečných zločinců. Jiné fondy, obsahující dokumenty k holocaustu, pronikly v kopiích do speciálních archivů v Izraeli, Německu, Polsku či USA.

Určitý zlomový problém představovalo rozdělení republiky, které s sebou pro archiv přineslo nutnost rozdělení dokumentace na provenienci českou a slovenskou, což bylo mnohdy velmi náročné. Dodnes je však tato rozluka považována za vzorově provedenou.

Další ohrožení existence archivu představoval přechod na profesionální armádu a s tím spojené enormní snižování tabulkových počtů ve všech částech resortu obrany. To se samozřejmě dotklo neblaze i archivu, který byl stále jen oddělením ústavu. Naproti tomu již existující správní archivy spadaly pod kompetenci Generálního štábu AČR. Po mnoha organizačních změnách včetně personálních vznikl k 1. 5. 1999 Vojenský ústřední archiv, v němž se sloučil historický archiv s oběma správními v Praze a v Olomouci. Zpočátku převažoval význam archivní a spisové služby nad odbornou historickou činností, ale postupně docházelo k vyrovnávání. Historickému archivu příslušela jeho odbornost, uznávaná i v cizině. Jednotliví pracovníci začali vyjíždět služebně do zahraničí do obdobných historických archivů, v roce 1999 se uskutečnila první návštěva v objektu NATO v Bruselu u příležitosti 50. výročí jeho existence. Od roku 2001 pak pracovnice VÚA zastupovaly archiv  na výročních zasedáních Archivního výboru NATO a zařadily se do činnosti Archivu NATO v oblasti zpřístupňování dokumentace. Podobně měl archiv zastoupení i na výročních schůzích Mezinárodního archivního výboru vojenské historie.

Obrovskou pohromu představovala pro Vojenský ústřední archiv povodeň v srpnu 2002. Zatímco se nedotkla správního archivu v 2. patře historické Invalidovny, obětí katastrofy byl jednoznačně historický archiv. Jelikož nikdo nepředpokládal více než stoletou vodu, byly z přízemí narychlo při velkém nasazení několika pracovníků přemístěny nejdůležitější materiály v počtu asi 3000 kartonů do mezipatra, což se po příchodu skutečné povodně ukázalo jako nedostačující. V prostoru Invalidovny vystoupala voda do výše cca 3,40 m a zaplavila celé přízemí i mezipatro. Po opadnutí nastaly dny úmorné práce všech pracovníků archivu včetně nasazených dalších pomocníků resortu obrany a vojáků ještě existující základní služby. K napjaté situaci přispěly ještě sdělovací prostředky, v nichž byl archiv neprávem napadán, že materiály nezachránil, zatímco k obdobně postiženým institucím se přistupovalo s pochopením. Velké úsilí bylo vynaloženo především na záchranu zaplavených archiválií. Ty byly odváženy do mrazíren v Kladně, odkud se vracely v průběhu dalších let, kdy musely být následně ošetřovány odbornými konzervátorskými postupy.

Nutno říci, že povodeň jednoznačně potvrdila nevhodnost barokní Invalidovny v tzv. zátopové oblasti jako objektu pro uložení obrovského množství materiálu. Proto se přistoupilo k hledání náhradního objektu, což bylo po stavební i finanční stránce nesmírně náročné. Jako náhradní objekt pro archiv byla s konečnou platností určena v roce 2009 budova v kasárnách 17. listopadu v Ruzyni, v té době již vyklizená. Rekonstrukce trvala do jara 2014, kdy se archiv postupně přestěhoval.

Závěrem chci jako bývalá pracovnice archivu (1990 - 2017) říci, že současné vojenské archivnictví prochází významnými změnami, vedoucími k celkové modernizaci, odpovídající požadavkům doby. I zde se ve všech sférách zavádí postupně digitalizace a elektronizace. Vedle Elektronického správního archivu se do konce roku 2020 počítá i se zřízením Digitálního archivu MO.

Jsem osobně ráda, že si archiv vybudoval své důstojné postavení v naší zemi a je kladně přijímán naší i zahraniční veřejností. Jeho význam je nezastupitelný a plně odpovídá latinskému heslu archivářů, volně přeloženému jako "Bez minulosti není budoucnosti".